为了保证从各种植物油和动物脂生产的生物柴油的一致质量，欧盟设立一个委员会制订标准。

虽然生物柴油对环境有好处，但它有一些局限性。生物柴油的第一个问题是随着时间推移会发生氧化降解，主要是受温度和氧影响。降解的产物如不可溶树脂、有机酸和醛，可能导致内燃机和喷射器发生问题。因此标准中的条款包括在110℃下最低的6小时降解诱导期。生物柴油的第二个局限是在低温度下结晶化和生成凝胶。生物柴油的低温流动性，由冷过滤塞点表述。冷过滤塞点是这样一个温度，在它下面燃料由于结晶化或凝胶化引致过滤器堵塞。例如在韩国，生物柴油的冷过滤塞点应低于0℃。

生物柴油的氧化稳定性取决于脂肪酸的组分以及天然抗氧化剂。不饱和脂肪酸对氧化降解敏感，高不饱和脂肪酸含量使诱导期很短。生物柴油的冷过滤塞点，也取决于脂肪酸组合。高冷过滤塞点这种现象能由高含量的不饱和脂肪酸解释，因为不饱和脂肪酸比饱和脂肪酸有较低的融点。

有高棕榈酸含量的棕榈生物柴油，显示出高氧化稳定性，但有差的低温流动性（冷过滤塞点为9-11℃）。油菜籽生物柴油有高油酸含量，显示出优良的低温流动性能（冷过滤塞点为-19--8℃）。含有不同的脂肪酸成分的几种生物柴油的混合物，因此可望改善氧化稳定性和低温流动性。当棕榈生物柴油和油菜籽生物柴油混合物在一起时，混合物的生物柴油会有比油菜籽生物柴油高的氧化稳定性，和比棕榈生物柴油低的冷过滤塞点。